如果廠商出口貨物被查到應申請SHTC輸出許可卻未申請，將被起訴並移送法院。
法源依據：
【貿易法第27條】
輸出入戰略性高科技貨品有下列情形之一者，處五年以下有期徒刑、拘役、或科或併科新臺幣一百五十萬元以下罰金：
一、未經許可，輸往管制地區。
二、經核發輸入證明文件後，未經許可，於輸入前轉往管制地區。
三、輸入後，未經許可，擅自變更原申報用途或最終使用人，供作生產、發展核子、生化、飛彈等軍事武器之用。
法人之代表人、法人或自然人之代理人、受雇人或其他從業人員，其執行業務犯前項之罪者，除處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以前項之罰金。

【貿易法第27條之1】
有前條第一項各款所定情形之一者，由經濟部國際貿易局停止其一個月以上一年以下輸出、輸入或輸出入貨品或撤銷其出進口廠商登記。

【貿易法第27條之2】
輸出入戰略性高科技貨品有下列情形之一者，經濟部國際貿易局得處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰、停止其一個月以上一年以下輸出、輸入或輸出入貨品或廢止其出進口廠商登記：
一、未經許可，輸往管制地區以外地區。
二、經核發輸入證明文件後，未經許可，變更進口人或轉往管制地區以外之第三國家、地區。
三、輸入後，未經許可，擅自變更原申報用途或最終使用人，而非供作生產、發展核子、生化、飛彈等軍事武器之用。
　

另違反貿易法第十三條第二項規定之特定戰略性高科技貨品，主管機關得予以沒入。